1、病因不同：幼儿急疹又称婴儿玫瑰疹，是由人类疱疹病毒6、7型感染引起，常见于婴幼儿急性出疹性传染病。而手足口病是由多种肠道病毒，如柯萨奇A组16型和肠道病毒71型感染引起；
2、临床表现不同：幼儿急疹主要表现为高热3-4天以后，骤然退热，并且出现全身皮疹，出疹以后病情很快恢复，多没有并发症，很少危及生命；而手足口病可有发热，也可没有发热。根据感染病毒不同，皮疹多少也稍有区别，而且重症手足口病可并发脑炎、脑膜炎、脑干炎等，甚至危及生命；
3、皮疹形态和部位不同：幼儿急疹又称婴儿玫瑰疹，顾名思义，皮疹多为淡红色以及红色，由颜面部或躯干部开始，遍及全身，没有疱疹。而手足口病皮疹主要分布在手、足、臀部、大腿为主，可以是丘疹、丘疱疹以及疱疹。